A. batunaorum có chiều dài cơ thể tối đa được biết đến là 10 cm[4]. Cơ thể của A. batunaorum có màu bạc, thường có các vệt màu xanh lam tím trên mặt và ngực. Nhiều cá thể còn có thêm một vệt sẫm màu ở rìa trên của gốc vây đuôi[5].

Số gai ở vây lưng: 13; Số tia vây ở vây lưng: 11–12; Số gai ở vây hậu môn: 2; Số tia vây ở vây hậu môn: 12–14[4].

A. batunaorum là loài chị em với Amblyglyphidodon ternatensis. Trước khi được công nhận là loài hợp lệ thì A. batunaorum được xem là một biến thể kiểu màu của A. ternatensis[3].